Відразу після півночі корабель перекинувся і затонув біля острова Уте біля узбережжя Фінляндії. На борту було близько 1000 людей, з них лише 137 вижили. Багатьох залишали на плаву у воді з температурою 11 °C приблизно на 6-7 годин, перш ніж їх врятували.
Аварія забрала 852 життя. Більшість загинули від утоплення та переохолодження, оскільки температура води була 10–11 °C (50–52 °F). Однією з жертв затоплення став естонський співак Урмас Алендер. Загалом Було знайдено 94 тіла: 93 протягом 33 днів після аварії, а останню жертву знайшли через 18 місяців.
Кажуть, що один із капітанів MS Estonia, Арво Андерссон, затонув разом із кораблем. Інший капітан, Аво Піхт, нібито був врятований і доставлений до Швеції. однак, він зник. Деякі стверджують, що його примусово вивезли до Швеції.
Затонулий корабель MS Estonia лежить у міжнародних водах між Естонією, Фінляндією та Швецією, приблизно за 22 морські милі (41 кілометр) від фінського острова Уте, на глибині 74-85 метрів (243-279 футів).
Щоб запобігти цьому, шведський уряд за потурання власників уламків10 і за згодою урядів Фінляндії та Естонії вирішив, що уламки слід накрити бетонним щитом11, щоб до нього не можна було дістатися без великих труднощів.
137 вижили Одразу після півночі 28 вересня 1994 року пасажирський пором типу ро-ро MV Estonia під прапором Естонії зазнав корабельної аварії на шляху між Таллінном і Стокгольмом. Лише з близько 1000 осіб на борту 137 вижили.