У еукаріотів сигнальні послідовності направляють вбудовування білків у мембрану ендоплазматичного ретикулуму і зазвичай відщеплюються сигнальною пептидазою. Отримані сигнальні пептиди, імовірно, швидко розкладаються, але деякі з них все ще виконують самостійні функції.
З цієї точки зору, розпізнавання сигнальної послідовності через частинку розпізнавання сигналу (SRP) спрямовує комплекси мРНК/рибосома/насцентний поліпептид до мембрани ER, таким чином розділяючи мРНК, що кодують секреторний/інтегральний мембранний білок, до ER, і забезпечує котрансляційну транслокацію білка ( Лінгаппа і Блобель 1980;
Функція сигнальних пептидів спонукати клітину до переміщення білка, як правило, до клітинної мембрани. У прокаріотів сигнальні пептиди направляють новосинтезований білок до каналу, що проводить білок SecYEG, який присутній у плазматичній мембрані.
Сигнальна послідовність знаходиться на N-кінці білка і спрямовує цей білок на транслокацію в ER. Ці білки без сигнальної послідовності транслюються в цитозоль.
Сигнальні послідовності є розташовані на N-кінці деяких білків і дозволяють цим білкам знайти своє правильне розташування поза клітинною мембраною. Сигнальна послідовність позначає білок для транспортування через клітинну мембрану та з клітини.
У еукаріотів сигнальні послідовності направляють вбудовування білків у мембрану ендоплазматичного ретикулуму і зазвичай відщеплюються сигнальною пептидазою. Отримані сигнальні пептиди, імовірно, швидко розкладаються, але деякі з них все ще виконують самостійні функції.