Пантеїзм Бруно не сприймався церквою легковажно, як і його вчення про метемпсихоз щодо перевтілення душі. Інквізиція визнала його винним, і він був спалений заживо на вогнищі на Кампо де Фіорі в Римі в 1600 році.
Його останні слова, як повідомляється, були: «Можливо, ви виносите цей вирок проти мене з більшим страхом, ніж я його сприймаю». Незважаючи на трагічну долю, ідеї Джордано Бруно про космологію та нескінченну природу Всесвіту мали тривалий вплив на наукову та філософську думку.
Бруно досі вважається єретиком, хоча він був «частково реабілітований» Папою Іваном Павлом II у 2000 році. Ватикан вибачився за його спалення на вогнищі, але не за визнання його ідей єретичними.
Ці космологічні ідеї привели пізніших читачів до тлумачення, що Бруно був пантеїстом, ототожнював Бога і природу, обидва є цілим всесвітом; вони також могли говорити про атеїзм, якщо він мав на увазі сказати, що Бог — це не що інше, як назва природних механізмів.
Увімкнено 17 лютого 1600 р, на Кампо-де-Фіорі (центральна римська ринкова площа), голим, з «язиком, ув’язненим через його злі слова», його спалили живцем на вогнищі. Його прах викинули в річку Тибр. Усі твори Бруно були внесені до Index Librorum Prohibitorum у 1603 році.
Бруно був засуджений не за його захист своїх диких і неперевірених і неперевірених астрономічних думок, ані за його доктрину про багато населених планет, а за його теологічні помилки, серед яких було його переконання, що Христос не був Богом, а лише надприродно вправним магом, душею якого є Святий Дух. …