Міс Сайгон розповідає історію про Кріса, американського військовослужбовця, який закохується в Кім, молоду в’єтнамську сироту, яка працює дівчиною в барі та повією.. Коли місто падає, закохані розлучаються, і Кріс зрештою повертається до США. Через багато років Кріс повертається до Бангкока зі своєю американською дружиною Еллен.
Під час метушні війни у В’єтнамі американський солдат Кріс і в’єтнамська дівчина Кім закохуються й одружуються, але після падіння Сайгона їх розлучають.. Минають роки, Кріс, не маючи змоги зв’язатися з Кім, знову одружується та намагається жити далі.
У 1975 році у В’єтнамі, перед крахом Сайгону, міс Сайгон зосередилася на темі любов і війна, також зображуючи конфлікти між комунізмом і демократією. Історія розповідала про життя Кім, в’єтнамської барівки, та її роман з Крісом, американським солдатом, який служив на війні.
Історія кохання, яка розгортається під час війни у В’єтнамі, мюзикл ставить під сумнів наші колективна моральна відповідальність за багатьох дітей американських солдатів, народжених жінками в охоплених війною країнах і ніколи не вимагала і не визнавалася їхніми батьками.
Оскільки всі її надії бути з Крісом тепер здаються неможливими, Кім задумує план, який принаймні дасть її синові шанс. Поки Інженер знайомить Тема з батьком, Кім застрелилася з пістолета, який дав їй Кріс, знаючи, що Тема відвезуть до США, якщо вона помре.
Кріс, Еллен, Джон та Інженер приходять біля її кімнати. Інженер заходить, щоб вивести Тема на вулицю, щоб познайомити Тема з батьком. Поки це відбувається, Кім заходить за штору і стріляє в себе.