Бактеріальний метаболізм включає внутрішньоклітинні катаболічні та анаболічні процеси. Більшість бактерій використовують цукор як джерело енергії, вивільняють енергію шляхом аеробного окислення або анаеробного бродіння цукрів і накопичують енергію у формі АТФ. Деякі автотрофні бактерії також використовують неорганічні матеріали як джерела вуглецю.
Метаболізм: як в архей, так і в бактерій існують різні типи метаболізму, яких немає в еукаріотів, в т.ч. фіксація азоту, денітрифікація, хемолітотрофія та гіпертермофільний ріст.
Бактерії не мають багатьох структур, які містять еукаріотичні клітини. Наприклад, вони не мають ядра. У них також відсутні пов’язані з мембраною органели, такі як мітохондрії чи хлоропласти. ДНК бактеріальної клітини також відрізняється від еукаріотичної клітини.
Є три помітні спільні риси бактерій, 1) відсутність мембранних органел, 2) одноклітинні і 3) невеликі (зазвичай мікроскопічні) розміри. Не всі прокаріоти є бактеріями, деякі є археями, які, хоча й мають спільні з бактеріями фізичні ознаки, але за походженням відрізняються від бактерій.
Основний метаболізм у позаклітинних бактеріях Сполуки включають нуклеозиди, амінокислоти, вуглеводи, кофактори, тоді як реакції беруть участь у метаболічних шляхах, таких як гліколіз, біосинтез нуклеотидів і амінокислот і шляхи деградації, а також біосинтез пептидоглікану (додатковий файл8).